Die Projektorganisation überlagert die bestehende Organisation des Umfeldes, in dem ein Projekt angesiedelt ist, wie zum Beispiel die Linienorganisation eines Unternehmens oder einer Behörde. Trotzdem muss die Projektorganisation klar in der umgebenden Organisation verankert sein. Darum ist eine eindeutige Kompetenzregelung, ebenso wie die Definition und Organisation der Projektkommunikation und des Berichtswesens, unerlässlich.
Ausgehend von den Aufgaben und Verantwortungen müssen die Kompetenzen festgelegt, die Mittel zugeteilt und die Rahmenbedingungen gesetzt werden. Dies wird im Rahmen der Projektfortschrittsentscheidungen dokumentiert und im Projekthandbuch sowie im QS-Handbuch ausgearbeitet.
Außerdem müssen die Rollen durch Personen besetzt werden. Diese Besetzung der Rollen ist der wichtigste Faktor für den Erfolg eines Projektes. Die einzelnen Schlüsselrollen, wie zum Beispiel Projektleiter und Systemarchitekt, müssen mit erfahrenen, kompetenten und akzeptierten Personen besetzt werden. Gleiches gilt für die Projektsteuerungsgremien, beispielsweise den Lenkungsausschuss oder die Änderungssteuerungsgruppe (Change Control Board).
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